据上证报报道，相关公司消息称，有关部委已于近期赴企业征求意见。也有企业负责人透露，目前获得资质的企业在进行税收优惠申报时的减免税手续并不十分顺利，税收部门与行业主管部门对于政策的理解有所不同，导致了办税过程的不顺畅。
根据文化部的统计数据，自2008年《办法》出台以来，按照该《办法》及配套税收优惠政策，2008年和2009年，40多家被认定企业每年税收减免额度为1300万元，而2010年和2011年新认定的20家企业每年税收减免额度就超过了2000万元。
系列税收优惠政策对上市公司也多有惠及。其中，拓维信息(002261)通过国家级重点动漫企业认证，根据公司半年报，因全资子公司湖南互动传媒有限公司被认定为重点动漫企业，根据财政部、国家税务总局《关于扶持动漫产业发展有关税收政策问题的通知》（简称《通知》）等相关规定，该子公司自2010年至2012年减按10%的税率征收企业所得税，并于2011年6月对2010年度按15%税率上缴超过10%部分给予退税，2011年收到退税金额约183万元。
此外，奥飞动漫(002292)也获得国家级重点动漫企业认证。公司半年报显示，根据财政部《关于扶持动漫产业发展增值税、营业税政策的通知》的规定，子公司广州奥飞文化传播有限公司自2011年1月1日至2012年12月31日自主开发、生产动漫产品涉及营业税应税劳务的（除广告业、娱乐业外）按3%的税率计缴营业税。奥飞动漫相关负责人向记者介绍，2009年至今，企业已获得税收减免约1100万元。
与此同时，也有动漫企业财税负责人称，自2008年《办法》出台以来，《通知》几乎成了动漫企业办税的总依据，其中虽然对增值税、所得税、营业税等有所规定，但申报奖励方法和实施细则却没有配套下来。
例如，《通知》指出，经认定的动漫企业自主开发、生产动漫产品，可申请享受国家现行鼓励软件产业发展的所得税优惠政策；但是否经认定的“国家级重点动漫企业”可以享受“规划布局内重点软件企业”10%的所得税优惠却没有明确说明。也成为相关企业申请税收优惠时难以处理的“盲区”。
对此类问题，有关部委已于近期开展了意见征求。
而此前发布的《“十二五”时期国家动漫产业发展规划》也要求从加大财政投入、保护知识产权、完善投融资政策、实行税收优惠、加强组织实施等五个方面加强对动漫产业发展的政策保障和体制机制保障。
